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教員組織である「学系」は、４学系から成り、それぞれが複数の部門（全部で13部門）から構成されています。教員はいずれかの学系・部門に所属し、個性的で特徴的な研究を推進するとともに、学部教育、センター運営に積極的に取り組んでいます。
人文社会科学系
人文社会科学部門 教育学部門
医療学系
基礎医学部門 連携医学部門 臨床医学部門 医学教育部門 看護学部門
自然科学系
理工学部門 農学部門
総合科学系
黒潮圏科学部門 地域協働教育学部門 生命環境医学部門 複合領域科学部門
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